Los archivos del sistema se denominan así debido a que son los que hacen posible la correcta operación del dispositivo y su comunicación con otros sistemas. Incluyen el sistema operativo y otras aplicaciones que se encuentran en carpetas o directorios diferenciados, y en ocasiones ocultos a la vista de las personas usuarias, para protegerlos de modificaciones involuntarias.
Cada vez que se instala una nueva aplicación, el sistema operativo crea y ubica los correspondientes archivos en las carpetas predefinidas para ello. De igual forma, al actualizarlos o desinstalarlos, el sistema se dirige a la ubicación lógica, para realizar las modificaciones.
Estos archivos no deben ser modificados o eliminados debido a su importancia en la gestión de hardware, software y para la entrada y salida de información, ya que pueden provocar errores o inoperatividad del sistema, al punto que podría ser necesaria la reinstalación total del sistema operativo.
De manera diferente sucede con los archivos y carpetas creadas por las personas usuarias. Estas(os) son creadas(os) mediante el uso de algún tipo de aplicación y es la persona usuaria quien define el nombre que se le dará al nuevo archivo o carpeta, y su ubicación lógica.
Cuando una persona usuaria decide que no necesita más determinado archivo o carpeta, simplemente la elimina o borra en su ubicación lógica, mediante alguna herramienta de administración de archivos de las que se dispone en los diversos sistemas operativos.