Durante este modo de vida y entre el primer y el segundo milenio, y con el surgimiento de una agricultura incipiente, se da un cambio radical en la sociedad indígena a nivel sociocultural y económico. Los grupos se volvieron sedentarios, establecieron aldeas permanentes, pequeñas y dispersas.
De la mano de la agricultura también surge la alfarería que vendría a llenar la necesidad de nuevos utensilios. La cerámica temprana se caracterizó por ser creada con fines utilitarios en la que sobresalen ollas, platones y tazones, decoradas con técnicas como incisos y estampados. También produjeron otros objetos sencillos en cerámica, así como herramientas de piedra, dirigidas a labores agrícolas y el procesamiento de alimentos.
Mediante la evidencia de platones de arcilla y pequeñas piedras puntiagudas para ralladores de tubérculos, se evidenció que las primeras prácticas agrícolas, en algunas partes del país, eran para la vegecultura o el cultivo de tubérculos y raíces como la yuca y el ñame. Este sistema agrícola también incluyó el aprovechamiento de ciertos árboles como el pejibaye y la práctica de pesca y caza como complemento. El cultivo de semillas como el maíz, ayote y frijol permitió la aparición de un excedente, el cual requirió de cambios en la organización para la producción, favoreciendo así el crecimiento poblacional.