La importancia de la fertilización orgánica surge de la necesidad de mejorar las características físicas, químicas y biológicas del suelo, reduciendo la utilización de fertilizantes y plaguicidas sintetizados artificialmente, que generan un impacto negativo al medio ambiente. Al igual que en la fertilización tradicional, el tipo y la cantidad de biofertilizantes que se puedan aplicar a la plantación dependerá de un análisis de suelo previo, de la edad del cultivo y la cosecha producida.
La agricultura orgánica consiste en emplear abonos orgánicos para alimentar los micro y macroorganismos del suelo, éstos proporcionan al terreno elementos esenciales para la nutrición de las plantas; así mismo, la implementación de materia orgánica favorece el desarrollo y multiplicación de microorganismos. El cacao responde muy bien a las aplicaciones con abonos orgánicos; además, con la fertilización orgánica se logra reducir el daño al medio ambiente, brindar mayor armonía con la naturaleza, reponer minerales extraídos del terreno y a la vez funcionan como fertilizantes. Los abonos orgánicos se pueden clasificar en: Abonos sólidos, ya sean Aboneras y Bocashi, y en abonos líquidos o biofermentados.
Con la presencia de materia orgánica, el suelo mejora su estructura, se mantiene estable y se incrementa la habilidad de éste para retener nutrientes y reducir la compactación. La descomposición de la materia orgánica genera la liberación de nitrógeno y azufre, como única proveedora natural de ambos nutrientes, además del significativo aporte de fósforo al suelo.
