Es recomendable desarrollar un programa de fertilización (basado en el análisis de suelo) para el cultivo siguiendo las buenas prácticas de manejo; y así, proveer los nutrientes necesarios para la planta de acuerdo con su etapa de crecimiento, para que ésta sea plenamente productiva y aumente la rentabilidad del cacaotal.
Encalado: Se recomienda hacer el encalado en suelos muy ácidos, para corregir acidez y aumentar la disponibilidad de nutrientes del suelo; aplicando Carbonato de calcio alrededor de la planta o en el fondo del hueco en el momento del trasplante. Reponer los nutrientes agotados resulta fundamental para una provechosa absorción de éstos. Se puede realizar el encalado antes de la siembra y justo antes de la época lluviosa, es recomendable que en la época seca después de encalar se realice un riego. La fertilización se realiza un mes después de esta práctica, sin embargo, se debe tener precaución; ya que, el encalamiento provee calcio, y debe existir un equilibrio entre el calcio y la concentración de potasio, boro y magnesio.
Las enmiendas ayudan a disminuir la movilidad de metales pesados como cadmio, corrigiendo el pH del suelo en caso de acidez y la salinidad de éste. Cuanto menor sea el tamaño de las partículas de la enmienda, mayor será su profundidad dentro del terreno y actuará en menor tiempo; la pureza del producto debe ser alta.