Para Arias (2007) las actividades de los filibusteros fueron conocidas y denunciadas por los embajadores de Inglaterra, Francia, Guatemala, Honduras y Costa Rica. El embajador costarricense don Luis Molina Bedoya, mantenía informado al presidente Juan Rafael Mora, de todo lo que acontecía en Washington, aconsejándole en noviembre de 1855 que era hora que Costa Rica se preparase para la guerra porque Walker planeaba tomar Costa Rica. Mientras tanto en Nicaragua, William Walker se había vuelto extremadamente poderoso, venciendo a los granadinos para formar un Gobierno títere, controlado políticamente por él y apoyado por un ejército constantemente renovado, al que estaban supeditados los nicaragüenses.
Para 1856 la lucha no era ya entre liberales y conservadores, sino entre algunos grupos de nicaragüenses que adversaban a Walker y un Gobierno controlado por norteamericanos, intentando dominar al resto de la región. En Costa Rica el presidente Juan Rafael Mora Porras no aceptó la usurpación del poder de los filibusteros en Nicaragua, decidiendo emprender una Guerra Santa que libraría al país y a toda Centroamérica del dominio esclavista norteamericano. Confiando en los consejos de su embajador, el presidente Mora organizó el Ejército Expedicionario para marchar rumbo al Norte, haciendo frente a una fuerte oposición por parte de la elite que era su enemiga tanto por razones personales como comerciales. Los opositores a la guerra decían que lo mejor era negociar con Nicaragua, esperar a ser atacados y entonces defender las fronteras. Evidentemente Mora no pensaba igual, según él había que ir un paso adelante, sin dar tregua al astuto filibustero, atacándolo en su propio campo, sin esperar a que un gran ejército invadiera el territorio costarricense.
La intención de los filibusteros no era quedarse en Nicaragua, quedaba clara la visión de conquistar toda Centroamérica para convertir esto en una extensión de EE. UU., creando repúblicas esclavistas que contribuyeran a la expansión económica de los estados sureños de los Estado Unidos. Vista la situación en la vecina Nicaragua, el presidente de Costa Rica, Juan Mora, se anticipó a que el siguiente en la lista de invasión fuera su país, el cual, además, aún estaba en fase de construcción como Estado tras una independencia todavía reciente. El mandatario amplió el ejército tico y lo entrenó con militares extranjeros. Los ingleses, con gran interés en la zona y viendo peligrar el proyecto del canal, facilitaron armas a Costa Rica y ayudaron a preparar a sus soldados. Ramírez (2019).
A pesar de su heroica gesta y de que Mora pertenecía al grupo económico de los cafetaleros, en agosto de 1859 y con variados argumentos fue derrocado por el mismo grupo de poder al que pertenecía. Entre las justificaciones para tal hecho estaban: abuso en sus facultades como mandatario, la decisión de involucrar a Costa Rica con la guerra que peleaba Nicaragua en 1856, el retiro de funcionarios cercanos, y su intención de reelegirse. Por estos alegatos la élite cafetalera concentró el poder militar en dos cuarteles dirigidos por Salazar y Blanco, dando un golpe de estado y poniendo en el poder a José María Montealegre.
En 1859 se promulgó una nueva constitución que entre otros aspectos reducía el periodo presencial a 3 años. Juan Mora Porras es fusilado en setiembre de 1860.