La Federación empezó muy pronto a tener problemas, y para 1826 varios órganos del gobierno federal dejaron de funcionar. Hubo violentos enfrentamientos entre los grupos políticos principales de conservadores y liberales, asimismo, había odios y resentimientos entre diversas ciudades. Parte de los problemas de la Federación derivaban del hecho de que Centroamérica en realidad no había sido una auténtica unidad en la época del dominio español. Con una topografía indómita, insuficientes y malas vías de comunicación, una economía débil y enormes diferencias sociales, el Reino de Guatemala nunca logró una legítima cohesión. Además, las estructuras institucionales eran débiles y las autoridades de la capital se hacían sentir relativamente poco en las provincias. Los liberales organizaron un movimiento militar contra el gobierno federal, que encabezó el militar hondureño Francisco Morazán, para abril de 1829 los liberales lograron apoderarse de la ciudad de Guatemala, derrocando a las autoridades federales.
De acuerdo con Arias (2007) los problemas no acabaron, más bien se incrementaron, presentándose los siguientes conflictos:
- El gobierno federal nunca pudo resolver los diferendos limítrofes existentes entre los estados miembros y la injerencia de Inglaterra y los Estados Unidos, interesadas ambas potencias en mantener la hegemonía en la región por medio de la construcción de un canal interoceánico en Centroamérica.
- Los ingleses y los norteamericanos no respaldaban la Federación, sino que preferían negociar con cada país por separado.
- La inversión financiera producto de los préstamos internacionales no era repartida equitativamente, tomando la mayor parte Guatemala y Honduras.
- Nicaragua no aceptó la incorporación del Partido de Nicoya a Costa Rica, alegando que era territorio nicaragüense, lo cual no era verdad.
- Guatemala no aceptó que el territorio de Sonsonate se hubiese anexado a El Salvador.
- Honduras no apoyó la fijación de sus límites con El Salvador y Nicaragua.
- En conclusión, el proyecto federal fracasó en parte por la falta de voluntad de los líderes, quienes mantuvieron una posición egoísta y localista. Y porque el Gobierno federal funcionó a modo de confederación centralizada, débil en sus finanzas e inversiones, basadas en préstamos internacionales que no podía honrar, y sin un motor económico que garantizara un desarrollo político y social, fuerte y estable.
Costa Rica expresó su inconformidad en el mes de abril de 1829 apocada por la situación de la República Federal, decidiendo separarse temporalmente de ella mediante una ley que se conoció como Ley Aprílea por haberse emitido en ese mes, la cual condicionaba su permanencia en la Federación hasta el mejoramiento de la situación. Para 1831, siendo Morazán presidente de Centroamérica, la situación parecía haberse tranquilizado y Costa Rica se reincorporó a la Federación. Finalmente, y dado que nada cambió, el jefe de Estado Braulio Carrillo decidió separarse definitivamente en 1838. Poco después, la federación se desintegró totalmente.