La fertilización, ya sea química u orgánica, requiere basarse en un análisis del suelo, tanto químico, físico, como microbiológico; esto permite realizar aplicaciones más precisas de acuerdo con las diferentes etapas del cultivo y según las fórmulas de fertilizantes que se deben utilizar, así como realizar correcciones que sean convenientes, evitando el desperdicio de recursos.
Se recomienda realizar muestreos y análisis del suelo, al menos cada 2 años. En la etapa de preparación del terreno se aconseja el análisis, con el fin de conocer la fertilidad de éste y detectar las necesidades de corrección, si fuese el caso. Si presentara un pH bajo (acidez), o una situación de deficiencia o exceso de algún nutriente, se procede al encalado, según los niveles críticos para el cultivo. El análisis de suelo también se realiza cuando la plantación se encuentra en producción, ya que se da una mayor absorción de nutrientes, y debe ser complementado con un análisis químico foliar que determine el contenido de nutrientes en las hojas.
Antes de fertilizar el suelo se deben conocer los requerimientos nutricionales del cultivo, de acuerdo con su fase de desarrollo; ya que, una fertilización integral y oportuna aumentará la vida productiva de la planta y maximizará los rendimientos del cacaotal.